デフォルトのストレージエンジンを変更するにはmy.cnfでdefault-storage-engineを指定すればOK
$ sudo vi /etc/my.cnf
$ cat /etc/my.cnf
[mysqld]
default-storage-engine=InnoDB
mysqlを再起動して、実際にInnoDBになったか確認
$ mysql -uroot
mysql> create database foo;
mysql> use foo
mysql> create table bar(id int not null);
mysql> show table status bar ¥G
*************************** 1. row ***************************
Table: bar
Create Table: CREATE TABLE `bar` (
`id` int(11) NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=latin1
1 row in set (0.00 sec)
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